1851 : Construction de l'église, sur les plans de l'architecte toulousain Rivet.  Elle est consacrée le 11 juin.  La construction d'un orgue est envisagée dès 1852, mais la priorité est finalement donnée aux travaux d'embellissement : fresque du choeur et médaliions de la nef par Roland Cazes (élève d'Ingres), décor peint par Denuelle, vitraux par Gesta, autels latéraux... 

1864 : Des bienfaiteurs offrent à l'église un harmonium Debain (ce très bel instrument est toujours en place et mériterait lui aussi une restauration)

1881 : Le 23 octobre, inauguration solennelle du carillon (9 cloches). Toujours pas d'orgue en vue...

1886 : La paroisse Saint Joseph d'Albi rachète (pour 6 000 F) l'orgue Thiébaut Maucourt du jubé de la cathédrale d'Albi, suscitant une farouche réaction du conseil paroissial de la Madeleine : "L'église curiale de la Madeleine ne doit pas se laisser dépasser par la succursale". Cette "querelle de clochers" aura un heureux épilogue, puisque la paroisse de la Madeleine se décide à acquérir un orgue neuf ! Les négociations avec la manufacture Puget commencent (marché conclu le 24 novembre, pour 15 000 F).

1887 : Construction du grand-orgue sur la tribune, par la maison Théodore Puget père et fils (en fait, l'instrument est dû à Eugène Puget, premier successeur de Théodore qui était décédé en 1883). L'instrument, à traction mécanique, comporte alors 15 jeux sur deux claviers, mais est prévu pour 20 jeux. L'inauguration a lieu le 18 décembre 1887, à l'occasion des noces d'or sacerdotales de l'abbé Michau, curé de la paroisse. A l'occasion de cette construction, du matériel de Moitessier (plusieurs jeux, mais aussi le sommier du grand-orgue et probablement les claviers) est réutilisé.

1898 : L'abbé Calmettes, successeur de l'abbé Michau, annonce au conseil paroissial qu'un don permet d'envisager de compléter l'orgue. On ne trouve pas d'autre trace des travaux qui furent alors engagés dans les archives paroissiales, mais l'instrument est porté à 22 jeux (au lieu des 20 initialement prévus), dont 4 jeux de pédale, par Jean-Baptiste Puget (dit Théodore Puget, frère et successeur d'Eugène Puget, décédé en 1892). Le sommier de pédale construit à cette occasion est à traction pneumatique (système dont les Puget se firent les promoteurs après 1893). Le registre des travaux des Puget indique effectivement une adaptation tubulaire et un ajout de jeux à l'orgue de la Madeleine en 1898.

1931 : Selon le registre des Puget, installation d'un ventilateur électrique et "restauration".

1945 : Pour permettre de mieux placer la chorale paroissiale, on envisage de reculer le buffet vers l'arrière de la tribune. Devant la difficulté de la tâche, l'affaire se conclut par un relevage et une réharmonisation de l'instrument par Maurice Puget.

1945 : 16 juin, inauguration de l'orgue ainsi réharmonisé avec un récital de Marcel Dupré

1990 : L'orgue est devenu quasiment injouable. L'Association des Amis de l'Orgue de la Madeleine d'Albi (ADOMA) est constituée, et récolte les fonds nécessaires à une remise en état de marche, qui est effectuée par le facteur d'orgues Paul Manuel. L'instrument retrouve la fraîcheur de ses sonorités, mais une restauration en profondeur s'impose. Une vie musicale s'organise néanmoins autour de l'instrument, avec des concerts donnnés régulièrement par des organistes de talent.

2000 :  Restauration complète des claviers (remplacement des ivoires trop usés, replaquage, suppression du jeu latéral des touches), réparation et réglage de la traction mécanique par le facteur d'orgues Gérard Bancells.

2003 : La canicule et la sécheresse font leur oeuvre. Fuites d'air et emprunts généralisés rendent une restauration complète des sommiers de plus en plus indispensable.